V témže roce však, na třetí výročí udělení privilegia (7. září 1827) vyjel ve tři hodiny odpoledne první zkušební vlak z Trojan u Dolního Dvořiště směrem na Budějovice. Vlak přenocoval v Holkově a další den ráno v 9 hodin dorazil do Českých Budějovic na nádraží, které bylo mezi dnešní Mánesovou a ulicí B. Němcové (v místech kolem dnešního Muzea koněspřežky). Vlak byl sestaven se sedmi vozů, měl celkovou hmotnost 22,4 t a byl tažen dvěma koňmi. Čistá hmotnost nákladu tvořeného vápnem, železářským zbožím a cihlami byla 14 tun. Vozy byly zkonstruovány a připraveny už 1826 pražským mechanikem Josefem Božkem. Vlak vzbudil neuvěřitelnou pozornost a přilákal množství zvědavců. Za zmínku stojí, že náklad, který uvezl vlak tažený dvěma koňmi, by jinak vezlo 14 vozů a 28 koní.
Ve dvou měsících pak bylo v úseku České Budějovice – Leopoldschlag přepraveno asi 600 t zboží, avšak v listopadu musel být provoz pozastaven kvůli nedostatku financí a omezením prací. Nedostatek financí se Gerstnerovi podařilo vyřešit tak, že na jeho naléhání požádala akciová společnost stavějící a provozující dráhu o monopol na obchod se solí, který skutečně obdržela s účinnosti na šest let od 1. ledna 1828.
Po dlouhých a složitých jednáních s městskými radními, kteří stále vytrvale bránili vstupu železnice do Budějovic, mohla být 1827 – 1828 dráha prodloužena až do města a to k solnímu skladu v tehdy Solné, dnes České ulici (Česká 66), ve kterém bylo možné skladovat téměř 2240 tun soli a jiného zboží. Prodloužena trasa vedla přes Krumlovský rybník (přibližně dnešní letní kino v parku Háječek), původně po více než 400 m dlouhém dřevěném mostě, který byl později nahrazen sypaným náspem. Dále vedla po dřevěném mostě přes Malši do dnešní Biskupské ulice a do Radniční (na jednom z dochovaných plánů je na rohu Biskupské a Radniční zakreslena nerealizovaná větev na náměstí před radnici) k solnému skladu. Až v roce 1838 byla od solného skladu trať dál prodloužena dnešní Českou ulicí až přes Mlýnskou stoku, kde se rozdvojila a vedla k hostinci U Zelené ratolesti, který patřil Vojtěchu Lannovi (1805 – 1866). Ten měl v letech 1835 – 1846 propachtovanou přípřežní službu (tj. poskytoval koně a čeledíny pro potřebu železnice) na celé trati do Lince. Lanna rovněž se společností exkluzivní smlouvu o následné přepravě zboží po Vltavě, která byla i jeho zásluhou regulována a udržována jako splavná řeka. Budějovickým „ležel pěkně v žaludku“ – lidově řečeno – protože jako jediná významná osobnost pochopil význam koněspřežky a její vstup do města silně podporoval, a to proti většinovému odmítavému stanovisku. Městská rada si na něj dokonce stěžovala u císaře Františka I., ten se ale roku 1833 postavil na stranu Lanny.
V 1828 po několika konfliktech, z nichž nejzávažnější byl s vedením společnosti F. A. Gerstner dne 15. července (?), skončil jako hlavní stavbyvedoucí a vedení prací musel předat Matthiasu Schönererovi (1807 – 1881), který stavbu vedl nejdříve provizorně do května 1829 a pak definitivně až do skončení stavby 1832. Zejména kvůli vysokým nákladům a některým technickým návrhům pozměnil parametry Gerstnerem navržené stavby, díky čemuž stavěl téměř za poloviční náklady a mnohem rychleji. V danou chvíli to bylo nepochybně akcionáři společnosti vítáno, ale některé provedené změny, se pak negativně projevily při přechodu na parní provoz železnice.
Pod Schönererovým vedením byla trať v roce 1830 prodloužena do Lestu a v témže roce byla císařem Františkem I. schválena i změna vedení trasy: místo původně plánovaného Mauthausenu byl za cílovou stanici určen Urfahr (Linz).
Dne 1. srpna 1832, byl slavnostně zahájen provoz na celé trase České Budějovice – Linz (128,8 km). Krátce předtím, v červenci 1832 podnikli císař František I. a císařovna Karolína Augusta (1792 – 1873) v doprovodu Schönerera vyhlídkovou jízdu z Urfahru do Sv. Magdaleny (St. Magdalena), která byla pro první železnici v monarchii velikou poctou a současně reklamou, jelikož o ní referoval pochvalně i tehdejší tisk.
V letech 1834 – 1836 pak byla postupně uvedena do provozu trať do Gmundenu na břehu Traunského jezera a přípojná dráha do Zizlau, stavěna rovněž pod vedením M. Schönerera.
Koňka, díl 1.: Na počátku byl Karel IV. a plánování průplavu
Koňka, díl 2.: Od Gerstnera ke Gerstnerovi
Koňka, díl 3.: První vlak
Koňka, díl 4.: Jak to fungovalo?
Koňka, díl 5.: Drážní zaměstnanci
Koňka, díl 6.: Co a jak se převáželo
Koňka, díl 7.: Od koní k páře
Koňka, díl 8.: Otcové koněspřežky
Koňka, díl 9.: Kde najít koňku v Budějovicích?
Koňka, díl 10.: Kde se koňkou svézt a co si přečíst?
