Primárně byl projekt určen pouze pro nákladní dopravu a vůbec nepočítal s přepravou osob. O povolení k osobní dopravě zažádala společnost až v roce 1834 a obdržela jej 1836.
Těžiště nákladní dopravy představovala sůl a uhlí. Náklad se převážel nákladními vlaky, provoz kterých se řídil jízdními řády. Vyjížděly přibližně v osmihodinových intervalech. Potahy a zápřah byly různé podle hmotnosti vlaku a stoupání tratě. Nákladní vlak sestával z jednotlivých potahů o jednom až šesti vozech vždy s jedním kočím a potřebným počtem koní. V roce 19832 sestával takovýto vlak z 32 vozů a od 1836 pak z 36 vozů.
Vozy řazené do vlaku byly dvouosé, otevřené, s nízkými bočnicemi, neodpružené. Náklad se přikrýval plachtami apod. Na jeden vůz bylo možné naložit 40 beček soli o hmotnosti asi 56 kg. Později se začaly k přepravě soli používat kryté vozy s plechovou odnímatelnou střechou. Pro dopravu dlouhých nákladu (dřeva) se používaly vozy sestavené ze dvou otočných podvozků, které byly spojeny naloženým dřevem (např.). Běžný nákladní vůz vážil cca 1232 kg a bylo na něj možné naložit náklad o váze 2520 – 3360 kg.
Zatímco v roce 1836 vlastnila společnost 504 nákladních vozů, v roce 1857 jich bylo již 1092, což svědčí o rostoucí poptávce po službách železnice. Zatímco v prvním roce se převezlo cca 24,5 tuny nákladu, v roce 1859 to bylo cca 151 tis. tun nákladu. Přibližně 56% všeho přepraveného nákladu tvořila sůl.
Každý vlak byl doprovázen jedním průvodčím. Vlak nákladní měl po zahájení osobní přepravy přednost před vlaky osobními. Jeho rychlost dosahovala kolem 4 km/h. Cesta Z Budějovic do Lince (Urfahr) trvala nákladnímu vlaku téměř 3 dny.
Cena za přepravu zboží byla zpočátku dohadována individuálně, později se řídila pevně stanovenými tarify. U zboží typu obilí, mouka, sádra poskytovala společnost oproti tarifním cenám slevu 33%. Nákladní tarify pro směr z Budějovic byly až o 50% nižší, než tarif pro opačný směr, tj. z Gmundenu nebo Lince.
Připomeňme, že projekt původně vůbec nepočítal s přepravou osob. Od roku 1832 ale jezdili výletní vlaky v úseku Urfahr – Sv. Magdalena, které se staly populárními, ostatně dobrou reklamu jim udělala jízda císaře Františka I. s manželkou na tomto úseku. Od 1834 byla výletní doprava provozována jako pravidelná v letních měsících. Pro zajímavost uveďme, že linecká výletní doprava měla do 1860 více pasažérů, než celá osobní přeprava na budějovické trase.
Na úseku z Budějovic do Lince byla první, mimořádná,osobní doprava zahájena na Velikonoce 1834, kdy mezi 26. březnem a 19. dubnem byl vypravován tzv. Trhový vlak. V témže roce společnost zažádala o povolení osobní přepravy a to obdržela 1836.
Na trase do a z Budějovic probíhala pravidelná osobní doprava denně, prostřednictvím dvou proti sobě jedoucích vlaků a to pouze v měsících duben až říjen. Vlak vyjížděl v 5 hodin ráno a cesta do Lince trvala včetně hodinové přestávky na oběd přibližně 14 hodin při rychlosti vlaku 12 – 15 km/h. Z opačného směru přijížděl vlak do Budějovic v 19 hodin. V Budějovicích se nastupovalo na osobním nástupišti, které bylo na nároží dnešní České a Piaristické ulice u hostince U Černé růže (dnešní cukrárna). Naproti přes dnešní Piaristickou ulici bylo od 1828 v Nisslově domě sídlo českobudějovické kanceláře společnosti a byla zde i pokladna pro osobní dopravu. Zde se kupovaly jízdenky, což byly částečně předtištěné lístky, do kterých se ručně vpisovalo datum a hodina odjezdu a cena jízdného. Zadní strana pak obsahovala pokyny pro cestující. Jízdenku bylo nutné zakoupit nejpozději 30 minut před odjezdem vlaku. V roce 1846 byla cena jízdného stanovena na 10 krejcarů v první třídě, 7 krejcarů ve druhé třídě a 0,55 krejcaru ve třetí třídě za každou míli (asi 7,5 km). Cesta z Budějovic do Lince přišla na 180 krejcarů v první a 136 krejcarů ve druhé třídě (pro srovnání v roce 1842 1 kg chleba = 10 krejcarů).
K přepravě cestujících se používalo vozů několika tříd a různých konstrukcí. Zpočátku se používaly otevřené a kryté vozy. Zpravidla měly čtyři lavice po třech místech k sezení. Později měly vozy podobu uzavřených kočárů s místy k sezení uvnitř a venku vpředu a vzadu. Na budějovické trati měly vozy I. třídy 4 – 9 vnitřních míst a 4 – 6 venkovních míst k sezení, vozy II. třídy měli po šesti místech. Vozy na gmundenské trati byly větší. Existovaly rovněž speciální kryté vozy výletní, které mohly mít až 24 míst k sezení. Vozy první třídy nebyly značeny čísly, ale každý z nich měl svoje jméno. Jediný dochovaný exemplář „Hannibal“ stojí v železničním muzeu ve Vídni. V 1857 měla společnost 96 osobních vozů s převahou vozů I. třídy, z nichž 41 jezdilo na budějovické trati.
Koňka, díl 1.: Na počátku byl Karel IV. a plánování průplavu
Koňka, díl 2.: Od Gerstnera ke Gerstnerovi
Koňka, díl 3.: První vlak
Koňka, díl 4.: Jak to fungovalo?
Koňka, díl 5.: Drážní zaměstnanci
Koňka, díl 6.: Co a jak se převáželo
Koňka, díl 7.: Od koní k páře
Koňka, díl 8.: Otcové koněspřežky
Koňka, díl 9.: Kde najít koňku v Budějovicích?
Koňka, díl 10.: Kde se koňkou svézt a co si přečíst?
